UCSF Chimera是一个完全免费的分子 simulation 软件，用于分子结构和相关数据的交互式可视化分析，包括密度图、超级分子组合、顺序排列、对接结果等，并能生成图像和动画。
软件特色
1.提供了一套有用的功能和清晰的界面。
2.当你第一次启动应用程序时，你会遇到一个几乎过于简单的主窗口，它只是一个可视化面板和一个紧凑的菜单栏，不像其他分子分析工具通常使用大量的工具栏。
3.所以UCSF奇美拉牺牲了一点实用性，为分子分析提供一个无干扰的环境。它还有一个巨大的文档部分，你应该花点时间阅读，因为它可以帮助你缩短一半的学习时间。
4.附上一套广泛的可视化和分析工具。
说到特性，公共事业提供的东西比你想象的要多。首先你要知道它可以制作出高质量的图像和动画。它还附带了一个序列查看器，实际上使您能够查找、查看和编辑序列比对。
6.没有什么太复杂的，工具要提到支持交互式阴影，变形，Ramachandran图和爆炸蛋白质。
7.分子一个强大的分析工具
8.你还应该知道UCSF Cimeta使你能够改变背景，即你可以将图形窗口改变为单一颜色，多种颜色的垂直渐变，甚至可以从计算机中加载图像。
9.这个工具有一个精简的界面，一个巨大的文档，教程和例子，可以帮助你马上开始。总而言之，UCSF chimera是一个用于分子分析的强大应用程序，它打包了许多有用的功能，没有任何顾虑。
功能介绍
1.强大的轴、平面和质心功能。轴可以表示为圆柱体，平面表示为圆盘，质心表示为球体，这些都可以用于距离和角度的测量。
2.体数据:可以显示3D电子和光学显微镜数据、X射线密度图、静电势和其他体数据。
3.b因子着色:可以给结构着色以显示属性值。
4.筛选分子对接
5.保护颜色
6.体积平面显示
7.旋转异构体
施用方式
1.通过单击或双击嵌合体图标(取决于其位置)启动嵌合体。通常，这个图标会出现在桌面上。Cimela可执行文件也可以从其安装位置运行。
2.将出现一个闪屏，几秒钟后将被包含图形显示或最近使用的文件的快速访问列表的主马赛克窗口取代(这并不重要，因为打开一个结构会自动将显示切换到图形窗口)。如果您愿意，可以通过单击并拖动右下角来放大窗口。也可以通过点击窗口的顶部栏并拖动来移动窗口。
3.打开结构
4.现在打开一个结构。从菜单中选择文件ID ID采集，从PDB中取1ZIK作为结构的ID。结构会出现在图形窗口，是两个肽形成的亮氨酸拉链。
5.默认的初始显示是ribbon。还显示原子:
6.这显示了结构中的所有原子和键，除了肽链中被带状显示抑制的那些。如何显示一个结构的特定部分，用于显示、着色等。将在下面讨论。起初，杂原子(除碳以外的原子)是由元素组成的:氧原子、氮原子、蓝色等等。碳保持模型的颜色，在这种情况下是棕色。
7.隐藏丝带，显示骨架原子，然后再次显示丝带。
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